El Manual Específico de Funciones y requisitos Mínimos de la Universidad de La Guajira, establece que son funciones del Rector de la Universidad de La Guajira:
- Representar a la institución en los actos públicos y privados.
- autorizar con su firma los títulos que confiere a la Universidad.
- Cumplir y hacer cumplir las normas constitucionales, legales, estatutarias y reglamentarias de la Universidad y las decisiones y actos de organismos de dirección.
- Evaluar y controlar el funcionamiento de la institución, adoptar las medidas necesarias para mantener su desarrollo normal y proponer a las instancias correspondientes las acciones a que haya lugar para su corrección cuando sea del caso.
- Aplicar las sanciones disciplinarias que le correspondan por la ley o reglamento.
- Aceptar donaciones y legados, por delegación y previa autorización del Consejo Superior.
- Aprobar, controlar y evaluar la aplicación del modelo de planeación y desarrollo de la Universidad.
- Proponer los manuales de funciones y requisitos de los cargos, para su aprobación por el Consejo Superior.
- Aprobar y expedir los procedimientos administrativos y académicos.
- Presentar informes al Consejo Superior acerca de la ejecución presupuestal y el funcionamiento general de la institución.
- Rendir al Consejo Superior y a los estamentos universitarios un informe anual sobre la gestión desarrollada, incluyendo la evaluación, propuestas de ajuste y correcciones necesarias al plan de desarrollo institucional, a los programas y proyectos requeridos para su ejecución. Someter a consideración del Consejo Superior el proyecto de Presupuesto de Ingresos y Gastos y ejecutarlo una vez expedido. Dirigir y controlar lo relacionado con la administración y conservación del patrimonio de la Universidad.
- Nombrar y remover al personal de la institución con arreglo a las disposiciones legales y estatutarias vigentes.
- Reglamentar la elección de los representantes de los egresados, estudiantes, docentes y demás miembro que, de conformidad con la ley 30 de 1992 y las normas estatutarias, hagan parte de los diferentes organismos de la institución.
- Nombrar reemplazo ante la ausencia temporal de los Decanos de facultad, mientras el titular se reintegra al cargo.
- Conceder comisiones de estudio y años sabáticos, previa autorización del Consejo Superior.
- Conceder permisos, licencias y autorizar comisiones al personal universitario, en concordancia con las normas legales y reglamentarias.
- Celebrar contratos y convenios con instituciones nacionales y extranjeras, personas naturales y jurídicas o con gobiernos extranjeros, previa autorización del Consejo Superior o en las cuantías autorizadas por el mismo.
- Dirigir y evaluar la ejecución de los planes de desarrollo de la Universidad y presentar los proyectos y planes de inversión a las autoridades pertinentes, dentro de los términos establecidos.
- Coordinar actividades y establecer políticas de desarrollo de la Educación Superior en el área de influencia de la Universidad, orientadas a su proyección institucional en el medio externo.
- Actuar como Ordenador del Gasto.
- Presidir el Consejo Académico.
- Las demás que le correspondan en concordancia con las leyes, los Estatutos y Reglamentos de la universidad, o que no estén expresamente atribuidas a otras autoridades universitarias, o le sean delegadas por el Consejo Superior Universitario.