La Rectoría de la Universidad de La Guajira es la oficina responsable de la gestión académica y administrativa, que debe adoptar las decisiones necesarias para el desarrollo y buen funcionamiento de la institución. De ella dependen las vicerrectorías de Investigación y Extensión, Calidad, Académica y Administrativa y Financiera, que apoyan directamente la gestión del rector. Además, tiene adscritas las oficinas de Secretaría General, Planeación, Comunicaciones, Control Interno, Regionalización y Bienestar Universitario.